2014 में शंकराचार्य स्वामी स्वरूपानंद सरस्वती ने कहा था कि साईं पूजा हिंदू धर्म के खिलाफ है। साईं भक्तों को भगवान राम की पूजा, गंगा में स्नान और हर-हर महादेव का जाप नहीं करना चाहिए। साईं बाबा को उन्होंने महाराष्ट्र में सूखे का कारण भी बताया था। कहते थे कि साईं बाबा फकीर और अमंगलकारी थी। उनकी पूजा करने पर आपदा आती है।
