नाना पाटेकर 90 के दशक में अपनी सधी हुई रियलिस्टक एक्टिंग के लिए जाने जाते थे। हाल ही में तनुश्री दत्ता के साथ हुए विवाद के बाद वे काफी विवादों में आ गए थे। तनुश्री के नाना पर आरोपों के बाद ही भारत में मी टू की शुरूआत हुई थी। हालांकि नाना आमतौर पर विवादों से दूर ही रहते हैं लेकिन शादीशुदा होने के बाद भी मनीषा कोइराला के संग अफेयर ने भी उन्हें काफी चर्चा में ला दिया था। जहां नाना गुस्सेल मिजाज के थे वहीं मनीषा भी अपने अप्रत्याशित अंदाज के लिए जानी जाती थी।
साल 1996 में रिलीज हुई फिल्म अग्नि साक्षी में नाना पाटेकर, मनीषा कोइराला और जैकी श्रॉफ काम कर रहे थे। इस फिल्म के साथ ही नाना और मनीषा करीब आए थे। इसके बाद दोनों ने संजय लीला भंसाली की फिल्म खामोशी में भी काम किया था। अग्नि साक्षी के डायरेक्टर पार्थो घोष थे। मनीषा नाना से बेहद प्यार करने लगी थी और उन्हें लेकर काफी पजेसिव भी थीं। मनीषा के पड़ोसियों के मुताबिक उन्होंने नाना को काफी बार मनीषा के घर से सुबह निकलते भी देखा था। एक समय ऐसा भी आया था जब नाना अपनी पत्नी से अलग रहने लगे थे। हालांकि मनीषा और नाना का एक घटना के बाद विवाद हो गया था और दोनों के बीच दूरियां बढ़ गई थी।
फिल्म की शूटिंग के दौरान एक दिन मनीषा कोइराला ने नाना को किसी दूसरी एक्ट्रेस के साथ देख लिया था। जब शूट खत्म होने के बाद रात के समय मनीषा नाना के मेकअप रूम में पहुंची तो वहां नाना के साथ एक्ट्रेस आयशा जुल्का मौजूद थीं। आयशा को नाना के साथ देख मनीषा इतनी गुस्सा हो गईं की उनपर चीखने-चिल्लाने लगीं। वहीं आयशा भी मनीषा के इस व्यवहार को देख शांत नहीं रह पाई और वह भी उनपर चिल्लाने लगी। दोनों के बीच झगड़ा इतना बढ़ गया था कि हाथापाई तक की नौबत आ गई थी। इसके बाद नाना पाटेकर ने दोनों के बीच में आकर झगड़े को शांत कराया था। इसके बाद नाना और मनीषा का ब्रेकअप हो गया था। नाना ने हालांकि एक इंटरव्यू में कहा था कि मनीषा बेहद संवेदनशील महिला है और वे उन्हें मिस करते हैं। मनीषा ने इसके बाद डीजे होसेन, क्रिसपिन कॉनरॉय, सेसिल एंथनी जैसी हस्तियों को डेट किया और आखिरकार नेपाल के एक बिज़नेसमैन सम्राट दहल से 2010 में शादी रचा ली थी लेकिन दो साल बाद ही मनीषा ने उन्हें तलाक दे दिया था।
