11 अप्रैल के फैसले को उच्चतम न्यायालय में चुनौती दी थी। उच्च न्यायालय ने उनके खिलाफ लंबित कार्यवाही रद्द करने से इंकार कर दिया था।
इस प्रकरण की जांच के बाद केन्द्रीय जांच ब्यूरो ने यह मामला बंद करने के लिए अदालत में रिपोर्ट दाखिल की थी। लेकिन निचली अदालत ने जाफर शरीफ के खिलाफ भ्रष्टाचार के आरोप में मामला बंद करने का आग्रह ठुकरा दिया था।
सीबीआई की विशेष अदालत ने विदेश यात्रा के दौरान कथित रूप से राजस्व के नुकसान के मामले में पूर्व रेल मंत्री के खिलाफ तीन जुलाई को अभियोग निर्धारित किये थे।
इस मामले में केन्द्रीय जांच ब्यूरो ने 1998 में जाफर शरीफ के खिलाफ प्राथमिकी दर्ज की थी। लेकिन 2005 में जांच एजेन्सी ने मामला बंद करने के लिए रिपोर्ट दायर की थी क्योंकि उसे पूर्व मंत्री पर मुकदमा चलाने की अनुमति नहीं मिली थी।
विशेष अदालत ने मामला बंद करने की रिपोर्ट अस्वीकार करते हुए कहा था कि ऐसा लगता है कि मुकदमा चलाने की अनुमति देने वाले प्राधिकारी के समक्ष सारे तथ्य पेश नहीं किये गये थे।
इसके बाद एक बार फिर जांच एजेन्सी ने मामला बंद करने की रिपोर्ट दाखिल की लेकिन विशेष न्यायाधीश ने उसका अनुरोध अस्वीकार करते हुये भ्रष्टाचार निवारण कानून के तहत मामले का संज्ञान ले लिया था।